Câu lạc bộ được thành lập năm 1892 và trở thành đội bóng sáng lập Cheddar Valley League đầu thập niên 1900. Họ vô địch giải đấu năm 1911 và sau 15 năm thì tham gia Weston and District League. Cheddar gia nhập lại Cheddar Valley League sau Thế chiến thứ II và vô địch mọi giải họ thi đấu năm 1948. Thành tích này được lặp lại năm 1950.[1]

Cheddar sau đó tham gia Somerset County League. Mùa giải 1988–89 họ đứng thứ 3 ở Division Two và được thăng hạng Division One.[2] Tuy nhiên, đội bóng lại xuống chơi ở Division Two cuối mùa giải 1992–93.[2] Họ trở lại Division One sau một màn về đích thứ 3 khác ở mùa giải 1997–98, và sau khi chiến thắng Division One mùa giải 2003–04, đội bóng được thăng hạng Premier Division.[2] Mùa giải 2011–12 họ đứng thứ 2 tại Premier Division, và được lên chơi ở Western League.